Geneza Instytutu Pedagogiki ma swój początek wraz z powstaniem w 1968 roku Wyższej Szkoły Nauczycielskiej w Szczecinie. Uczelnia była Filią Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu i posiadała 4 wydziały: Humanistyczny, Matematyczno- Przyrodniczy, Nauczania Początkowego i Wychowania Fizycznego. Organizatorem i dziekanem Wydziału Nauczania Początkowego był doc. dr hab. Bolesław Sadaj (w latach 1968- 1973). W ramach wydziału powołano 4 zakłady: Pedagogiki (kier. doc. dr hab. B. Sadaj), Psychologii ( kier. doc. dr Kazimierz Suszek), Metodyki Nauczania Początkowego (kier. dr Janina Parafiniuk-Soińska), Wychowania Muzycznego (kier. mgr Krystyna Masojć). Na wydziale kształciło się 198 studentów, studia ukończyło 91 osób. W 1973 roku Wyższa Szkoła Nauczycielska została przekształcona w Wyższą Szkołę Pedagogiczną, która posiadała 4 wydziały: Humanistyczny, Pedagogiczny, Matematyczno-Przyrodniczy i Wychowania Fizycznego.
W 1985 roku powstał Uniwersytet Szczeciński i w ramach Wydziału Humanistycznego rozpoczął działalność Instytut Pedagogiki i Psychologii. Pierwszym dyrektorem Instytutu była doc. dr hab. J. Parafiniuk- Soińska (do 1989 roku). Kolejno funkcję dyrektora Instytutu pełnili: prof. dr hab. K. Jaskot (lata 1989- 1990), prof. dr hab. F. Bereźnicki (lata 1990- 2000), prof. dr hab. Kazimierz Wenta (lata 2000- 2002), dr hab. prof. US Włodzimierz Krysiak ( lata 2002- 2009), dr hab. prof. US Teresa Żółkowska (od 2009 roku).
Początkowo w ramach Instytutu funkcjonowało 10 zakładów. W roku 2008 zmieniono strukturę organizacyjną Instytutu i powołano następujące katedry;
Kierownik Katedry
Katedra Dydaktyki Ogólnej
dr hab. Włodzimierz Krysiak, prof. US
od roku 2014 dr hab. Janina Świrko-Pilipczuk, prof. US
Katedra Historii Wychowania
dr hab. Wiesław Andrukowicz prof. US
od 2015 roku prof. dr hab. Wiesław Andrukowicz
Katedra Pedagogiki Ogólnej
prof. dr hab. Maria Czerepaniak -Walczak
Katedra Teorii Wychowania
dr hab. Anna Murawska, prof. US
Katedra Pedagogiki Specjalnej
dr hab. Teresa Żółkowska, prof. US
Katedra Pedagogiki Społecznej
dr hab. Barbara Kromolicka prof. US
od 2015 roku prof. dr hab. Barbara Kromolicka
Katedra Wczesnej Edukacji
dr hab. Urszula Chęcińska, prof. US